Der gesamte Mund- und Rachenraum ist mit Schleimhaut ausgekleidet, die histologisch aus mehrschichtigem, unverhorntem Plattenepithel besteht. Nach vorne ist die Mundhöhle durch die Lippen begrenzt, seitlich durch die Wangen und durch den Mundboden nach unten. Die Mundhöhle geht nach hinten in den Rachen über, welcher die Rachen- und Gaumenmandeln enthält. Die Mundhöhle ist von einer Vielzahl von Keimen besiedelt, die ähnlich wie die Darmflora in einem ökologischen Gleichgewicht stehen. Bei äußeren Einflüssen wie mangelnder Mundhygiene oder Antibiotika kann sich dieses physiologische Gleichgewicht derart verschieben, das pathogene Erreger die Oberhand gewinnen und Entzündungen auslösen, die zu den häufigsten Erkrankungen des Mund- und Rachenraumes gehören. Auch der Lippenherpes, eine Virusinfektion, wird den Erkrankungen des Mund- und Rachenraumes zugeordnet.
Entzündliche Krankheiten in der Mundhöhle sind oft ein Fall für den Zahnarzt, besonders wenn es sich um Entzündungen des Zahnfleisches, Gingivitis, oder Parodontose handelt. Die Entzündung der Mundschleimhaut, Stomatitis, ist ebenso wie die Zungenentzündung, Glossitis, äußerst schmerzhaft. Allgemeinerkrankungen wie Krebs oder Diabetes begünstigen durch die herabgesetzte Immunabwehr das Auftreten von Erkrankungen des Mund- und Rachenraumes. Entzündungen der Mandeln oder des Rachens, Tonsillitis und Pharyngitis, können zwar unkompliziert verlaufen, bei schweren Krankheitsbildern sollte aber stets der Arzt konsultiert werden. Neben den Schmerzen und der Schwellung sind damit fast immer Schluckbeschwerden verbunden.
Sogenannte Aphten sind schmerzhafte Schleimhautläsionen, die im gesamten Bereich der Mundhöhle auftreten können.
Im Unterbodengewebe des Mundbodens befinden sich Speicheldrüsen, die bei Fehlfunktion zu pathologischen Schleimhauveränderungen führen. Bei chronischer Mundtrockenheit, Sicca-Syndrom, kann bei mehr als 50 % aller Patienten keine genaue Ursache verifiziert werden, diskutiert werden in diesem Zusammenhang chronisch-entzündliche Prozesse durch Autoimmunerkrankungen. Mundtrockenheit tritt oft auch nach zahnärztlichen Behandlungen durch die Schwellung oder auch nach Bestrahlungen der Mundhöhle auf. Bösartige Neubildungen können grundsätzlich im gesamten Mund- und Rachenraum auftreten. Es scheint einen Zusammenhang zwischen mangelnder Mundhygiene oder Alkohol- und Tabakkonsum und dem Auftreten von Tumoren in der Mundhöhle zu geben.
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